A Székesegyház jelenlegi orgonáját első formájában Angster József pécsi orgonaépítő készítette. Ez volt Angster századik hangszere, mely először 1891-ben, a székesegyház Schmidt-féle átépítését követő ünnepélyes újrafelszentelésekor szólalt meg, majd 1910-ig működött. Ekkor az Angster orgonagyár átépítette, és 48 regiszteresre bővítette. Az I. világháborús rekvirálás az orgonát szerencsére elkerülte, így annak eredeti ón homlokzata fennmaradt. Az 1970-es évek első felében újabb átépítés történt, az orgonát 26 új regiszter beépítésével négy manuálosra és 71 regiszteresre bővítették. 1997-ben a hangszerhez új, elgördíthető, digitális játszóasztal és vezérlő elektronika készült, ezáltal az országban elsőként valósult meg az orgonista játékát visszajátszó funkció. A munkálatok 2005 nyarán kezdődnek. Ennek eredményeként várhatóan műszaki és zenei értelemben egyaránt korszerű, hosszútávon megbízható működésű orgona születik majd. A liturgikus szolgálaton túl az orgonairodalom, azon belül különösen a romantikus orgonazene minden eddiginél sokoldalúbb előadására válik alkalmassá a hangszer. Az átalakításkor remélhetőleg lehetőség nyílik a nagyorgonák ékességének számító vízszintes spanyol trombita beépítésére is. Az átépítéssel országos viszonylatban a legnagyobb mechanikus csúszkaládás templomi orgona születik. Király Csaba nagyszabású hangversenysorozatot indított el 2004 novemberében a világörökséghez tartozó orgona átépítéséért. A koncerteken igazi kuriózumoknak számító orgonaátiratok is elhangoznak. A sorozat műsorán Bach, Mozart, Dupré és Franck orgonaművei, Vivaldi A-dúr concerto per eco-ja, Verdi Requiemje és Mendelssohn IV. ?Olasz? szimfóniájának első tétele szerepel. A 2005 februárjától június végéig terjedő időszak tizenkét koncertjén a hagyományos orgonairodalom remekművei mellett négykezes változatban Bach három Brandenburgi versenye is felcsendül, amelyekhez közreműködők is társulnak: Köcsky Tibor orgona-, Gyöngyössy Zoltán fuvola- és Borsódy László trombitaművészek. Elhangzik továbbá Mahler I. és Franck d-moll szimfóniájának első tétele. Két teljes szimfónia is szerepel a programban: Schumann I. és Beethoven IX. szimfóniája. A nagyböjti időszakban Bach alkalomhoz illő korálelőjátékait és Dupré Passió-szimfóniáját hallhatja a közönség. Húsvét hétfőn ünnepi orgonakoncert lesz, amelynek műsorán Bach húsvéti korálelőjátékai, valamint Liszt Hosannah című műve és az ?Ad nos ad salutarem undam? fantázia és fúga hangzik el. Szintén zenei csemegének számít egyetlen mű kétféle verziójának előadása, nevezetesen Liszt Koronázási miséjének szólóorgona-előadása, valamint kórus?szólisták?orgona összeállításban elhangzó változata. Ez utóbbi lesz a sorozat záróhangversenyének műsora 2005. június 29-én, Péter-Pál ünnepén, a templom búcsújának napján. A koncerten Jobbágy Valér vezényletével a Bazilika Palestrina kórusa és a PTE Zeneművészeti Intézetének magánének szakos hallgatói énekelnek.
