Farkas Bertalan a Szabolcs-Szatmár-Bereg vármegyei Gyulaházán született 1949-ben, középiskolai tanulmányait Kisvárdán folytatta, a Bessenyei György Gimnáziumban érettségizett. Jeleskedett a labdarúgásban, de miután Nyíregyházán megismerkedett a sportrepüléssel, úgy döntött, hogy pilóta lesz. 1967 és 1969 között elvégezte a Kilián György Repülő Műszaki Főiskolát Szolnokon, 1970-től 1971-ig a szovjet Repülő Műszaki Főiskola növendéke volt. 1972-ben repülőtiszt, 1976-ban első osztályú vadászrepülő lett. A magyar légierő pápai alakulatánál szolgált, majd önként jelentkezett űrhajósnak, és 1978-tól századosi rendfokozattal űrhajóskiképzésen vett részt.
A szocialista országok közös űrkutatási programja, az Interkozmosz keretében az 1970-es évek második felében vált lehetővé, hogy a szovjet Szojuz űrhajókon a tagországok (köztük Magyarország) egy-egy képviselője is feljusson a világűrbe. Űrhajósnak a már sokrétű szűrésen, kiképzésen átesett vadászrepülőgép-pilóták jelentkezhettek.
Az 1977 tavaszán a kecskeméti Repülőorvosi Vizsgáló és Kutatóintézetben (ma Repülőorvosi, Alkalmasságvizsgáló és Gyógyító Intézet) kezdődött folyamat során a jelöltek körét négyre szűkítették, akik közül ketten – Farkas Bertalan és Magyari Béla – a Moszkva melletti Jurij Gagarin Űrhajóskiképző Központban, népszerű nevén Csillagvárosban végezték a további felkészülést szovjet kollégáikkal együtt 1978 és 1980 között.
Kettejük közül a választás már 1978-ban Farkas Bertalanra esett, akit szükség esetén Magyari Béla helyettesített volna. A tervek szerint a szovjet–magyar űrutazásra 1979-ben került volna sor, de áprilisban technikai hiba miatt meg kellett szakítani a szovjet–bolgár űrrepülést, és az a döntés született, hogy amíg nem tisztázzák a probléma okát, a magyar űrhajós és szovjet társa nem szállhat fel.
Farkas Bertalan kutatóűrhajós és Valerij Kubaszov parancsnok 1980. május 26-án moszkvai idő szerint 21 óra 20 perckor (magyar idő szerint 20 óra 20 perckor) a Szojuz–36 fedélzetén indult útnak a kazahsztáni Bajkonur űrközpontból. Magyarország ezzel a nemzetek sorában hetedikként lépett ki a világűrbe. Az űrhajó egy nappal később dokkolt a Szaljut–6 űrállomáson, ahol Leonyid Popov és Valerij Rjumin szovjet űrhajósok fogadták őket.
A nemzetközi személyzet programjában több, magyar kutatóintézetek által tervezett orvosbiológiai, fémtechnológiai, fizikai, távérzékelési és erőforrás-kutatási kísérlet és megfigyelés is szerepelt. Vizsgálták, hogyan termelődik az emberi szervezetben kozmikus körülmények között az interferon fehérje. A Pille sugárdózismérővel az űrhajósokat érő sugárzást, a Balaton nevű műszerrel szellemi munkavégző képességüket figyelték meg. Farkas utóbb elárulta, hogy hatvannyolc kilójával asztronautának vékonydongájú volt, szkafanderébe ólomtéglácskákat kellett szerelni, hogy meglegyen az előírt súlya.
Farkas és Kubaszov a Szojuz–35 fedélzetén június 3-án ért földet Kazahsztánban; ők voltak az elsők, akiknek a Földre való visszaérkezés alatt 45-50 g-s túlterhelést kellett elviselniük. Az első magyar asztronauta hét napot, húsz órát és 45 percet töltött a kozmoszban, visszaemlékezése szerint leírhatatlan érzés volt meglátni Magyarországot a világűrből. Az űrutazásnak hatalmas visszhangja volt, a magyar űrhajóst hősöknek kijáró tiszteletadással fogadták, állami kitüntetéseket kapott, és alezredessé léptették elő.
Farkas Bertalan 1986-ban a Budapesti Műszaki Egyetemen közlekedésmérnöki diplomát szerzett, és a Magyar Tudományos Akadémia Interkozmosz Tanács kutatócsoportjának munkatársa, mérnök ezredes lett. 1991-től repülhetett újra teher-, személyszállító és sportrepülőgépekkel, 1995-től dandártábornok, a honvédség repülőszemlélő-helyettese volt. 1996-ban légügyi attasé lett az Egyesült Államokban, 1997-ben nyugállományba vonult. Ezután gazdasági vállalkozásokba fogott, majd a Zrínyi Miklós Nemzetvédelmi Egyetemen (ma a Nemzeti Közszolgálati Egyetem Hadtudományi és Honvédtisztképző Kara) kutatómérnökként katonai környezetvédelemmel foglalkozott, és tudományos tanácsadóként is dolgozott.
Számos kitüntetés birtokosa, többek között 2019-ben Hazáért Érdemjellel tüntették ki, valamint a Magyar Kultúra Lovagja elismerésben részesült. 2020-ban Görgei Artúr-életműdíjat kapott, 2022-ben a Vitézi Rend tagjává avatták. Budapesten oktatási és módszertani központ viseli nevét, és egy kisbolygót is elneveztek róla. 1985-ös megalakulása óta tagja a Nemzetközi Űrhajós Szövetségnek, egyik alapítója a Space for Earth Alapítványnak.
Ma is kedvelt és népszerű személyiség, szívesen találkozik az érdeklődőkkel, és beszél űrutazásáról. Rajta kívül eddig még csak egy magyar ember járt a világűrben, de űrturistaként saját pénzén: az Amerikában élő Charles Simonyi, azaz Simonyi Károly 2007-ben és 2009-ben. A második magyar űrhajós a Hunor magyar űrhajós programban idén májusban kiválasztott Kapu Tibor gépészmérnök (tartalékosa Cserényi Gyula) lesz, aki az amerikai Axiom Space vállalat és az Amerikai Űrkutatási Hivatal (NASA) missziójával utazhat majd a Nemzetközi Űrállomásra.
