Rákoskeresztúron született 1944-ben. 1968-ban diplomázott a budapesti Eötvös Loránd Tudományegyetem (ELTE) Bölcsészettudományi Karán filozófia és matematika szakon. 1971-ben filozófiából doktorált, majd tanársegédként a kar filozófiai tanszékére került. 1978-ban nyerte el a filozófiai tudomány kandidátusa, 1985-ben a filozófiai tudomány doktora címet.
Nyelvfilozófiai kutatásai középpontjába Ludwig Wittgenstein került, amihez kapcsolódva a hetvenes években az Osztrák–Magyar Monarchia szellemi életét dolgozta fel, Lukács György és Robert Musil munkásságán, illetve a Bécsi Kör filozófiáján keresztül. 1974-ben jelent meg a Lendvai L. Ferenccel közösen írt A filozófia rövid története: a Védáktól Wittgensteinig című kézikönyv első kiadása – ez volt az első magyar nyelven írt, ismeretterjesztő igényű filozófiatörténet a második világháború után. Németül és angolul is publikált a modern filozófiatörténet, az osztrák–magyar eszmetörténet, a nyelvfilozófia és a társadalomfilozófia köréből.
Az 1980-as években a konzervativizmus és hagyomány témakörével, majd az írásbeliség és szóbeliség társadalomfilozófiai és kommunikációelméleti kérdéseivel foglalkozott. A kilencvenes évektől az informatikai eszközök használatának ismeretfilozófiai vonatkozásairól publikált. A 2000-es években az internet és a mobiltelefon elterjedésének filozófiai, társadalmi, oktatási hatásait tárgyalta. Fő tézise az oktatás és ismeretszerzés újkori kereteinek (tér, időbeosztás, időszak) fellazulása, ehhez kapcsolódva pedig a tekintély szerepének megváltozása. Ekkortól kezdve Wittgenstein filozófiájához visszatérve a képi gondolkodás elsődlegességét elemezte tanulmányaiban. A képi gondolkodás sajátosságaira alapozva legújabb publikációiban az idő fogalmát és érzékelési sajátosságait kutatta.
1971-től 2004-ig az ELTE oktatójaként dolgozott, 1985 és 1989 között a Filozófiatörténeti Tanszék vezetője volt, 1986-ban kinevezték egyetemi tanárnak. Több külföldi egyetemen is oktatott vendégtanárként, illetve végzett kutatómunkát, így Németországban, Ausztriában, Dániában, Finnországban és az Egyesült Államokban is. 1990 szeptemberétől 1991 februárjáig Alexander von Humboldt-ösztöndíjjal a bochumi egyetemen kutatott, majd a Royal Society of Edinburgh vendégeként a St. Andrews-i Egyetemen dolgozott. 1994-ben egy ideig a bécsi Internationales Forschungszentrum Kulturwissenschaften (Nemzetközi Társadalomtudományi Kutatóközpont) kutatója volt. Publikációinak jelentős része külföldi kiadóknál és rangos folyóiratokban jelent meg. 1987 és 1990 között a Magyar Filozófiai Társaság főtitkára, 1993-től 2006-ig elnöke volt. 1993-ban a Magyar Tudományos Akadémia (MTA) levelező, majd 2001-ben rendes tagjává választották.
Az MTA Filozófiai Kutatóintézetének előbb tudományos főmunkatársa, majd 1995 és 2005 között igazgatója volt. Kutatásai az utóbbi évtizedekben a kommunikáció technológiájának, a szóbeliség, az írásbeliség, a könyvnyomtatás és a poszttipográfia történetéhez kapcsolódó filozófiai kérdésekre, és különösen a számítógépek, számítógép-hálózatok és a mobiltelefónia társadalom- és oktatásfilozófiai vonatkozású kérdéseire összpontosultak. A kilencvenes évek közepén szorgalmazta egy internetes egyetem elindítását, kísérleti internetes filozófiakurzusokat indított. 2001-től kezdeményezésére elindult az MTA és a T-Mobil távközlési szolgáltató közös kutatási projektje A 21. század kommunikációja címmel, amelynek keretében a mobiltelefon-használat nyelvi, társadalmi, pedagógiai, kulturális, politikai és filozófiatörténeti hatását vizsgálták.
A kutatásokat nemzetközi konferenciákon vitatták meg, és magyar, angol, valamint német nyelvű kötetekben tették közzé. A program részeként a közmédia rendszeresen közvetítette a Mindentudás Egyeteme sorozatot, amelynek keretében különböző tudományterületek képviselői tartottak bárki által látogatható ismeretterjesztő előadásokat. A kutatás másik projektje a Magyar Virtuális Enciklopédia volt az MTA Filozófiai Kutatóintézete és az Informatikai és Hírközlési Minisztérium (IHM) közös gondozásában, amelyet a filozófus egy 3200 címszavas internetes lexikonnak szánt, és alkotótársaival a tervek szerint 2003-tól 2005 végéig írt volna meg. A kezdeményezést 150 szócikk megírása után nyilvánossá tették, de befejezetlen maradt.
Nyíri Kristóf 2007-es nyugdíjba vonulása után a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Műszaki Pedagógia Tanszékének munkatársa lett.
Munkásságáért több rangos elismerést is kapott: 2005-ben „több évtizedes tudományos kutatói, tudományszervezői és oktatói tevékenysége elismeréseként” a Magyar Köztársasági Érdemrend tisztikeresztjével tüntették ki. 2007 októberében tagjává választotta az Institut International de Philosophie, vagyis a párizsi Nemzetközi Filozófiai Intézet, amely a filozófia legmagasabb szintű tudományos testülete a világon. 2009-ben Széchenyi-díjat kapott Wittgenstein és a nyelvfilozófia kutatása terén elért eredményeiért, a magyar és nemzetközi filozófiai kutatás és együttműködés előmozdításáért, valamint több évtizedes tudományszervezői tevékenységéért.
