A korai Árpád-kor több fontos szereplőjéhez hasonlóan az ő származásáról, életének korai szakaszáról sem tudunk sokat. 990 és 1010 között születhetett a később róla elnevezett Aba nemzetségben, amelynek szállásterülete a Mátra környékén feküdt. Kézai Simon krónikája Attila leszármazottjaként, Anonymus kun származásúként említi, a modern történettudomány álláspontja szerint viszont ősei kabarok lehettek. A források megegyeznek abban, hogy Szent István király egyik közeli nőrokonát vette feleségül, és a királyi udvar palotaispánja volt. Bár a palotaispán feladata akkor még „csak” a királyi udvartartás ellátásának megszervezése és az udvari népek feletti ítélkezés volt, később már nádornak nevezték, és 1848-ig ez volt a király utáni legnagyobb országos méltóság.
István király 1038-ban bekövetkezett halála után nővérének Velencében született fia, Orseolo Péter került a trónra, aki igyekezett az államalapító politikáját folytatni. A helyi viszonyokat azonban nem vette figyelembe, a magyar urakat mellőzve német és olasz tanácsadóira támaszkodott, és miután két püspököt is felmentett, a főpapság szintén ellene fordult. Külpolitikájában a két szomszédos nagyhatalom, a német-római és a bizánci birodalom gyengítésére törekedett, támogatta a III. Henrik német-római császár ellen hadakozó cseh fejedelmet és a Bizánc ellen felkelt bolgárokat. A háborúskodás kimerítette a kincstárat, ezért Istvánnak tett ígéretét megszegve lefoglalta Gizella özvegy királyné vagyonát, őt pedig házi őrizetbe helyezte. Péter 1041-ben, miután egyik gyűlölt kegyencét meggyilkolták az ellene fordult előkelők, életét féltve elmenekült, és attól a III. Henriktől kért segítséget, aki ellen a legtöbbet háborúzott. Henrik meg is ígérte, hogy visszasegíti a trónra, Péter pedig hűbérül ajánlotta fel neki Magyarországot.
A korábban mellőzött főurak 1041-ben maguk közül választottak új királyt a korábbi palotaispán, Aba Sámuel személyében. Sámuel többször is követeket menesztett a császárhoz, akik dolgavégezetlen tértek vissza, és a Henrik befolyása alatt álló IX. Benedek pápa sem volt hajlandó tárgyalni a Péter által elűzött püspökök ügyéről. A király 1042 elején kihasználva, hogy a feleséget kereső III. Henrik éppen birodalma nyugati részében tartózkodik, betört Ausztriába, és feldúlta a határ menti területeket. A császár a következő évben büntetőhadjáratot indított, és egészen a Rábáig hatolt előre. Aba Sámuel a béke fejében kénytelen volt lemondani az István által 1030-ban megszerzett Lajta környéki területekről, és hadisarcot is fizetett, Henrik viszont elismerte Sámuel uralmát.
Sámuel ekkor már korántsem örvendett népszerűségnek az előkelők körében, mert Péter kegyenceit menesztette, de a korábban befolyásos főurakat nem vette vissza maga mellé. A korabeli források egyöntetűen sötét képet festenek róla, István király nagyobb legendája és a Kézai-krónika még azt is írja, hogy a pogány vallást követte. Ennek ellentmond, hogy több monostort is alapított, sírja zarándokhely lett, és újratemetésekor teste teljesen épen került elő, ami akkoriban az erényes élet bizonyságának számított. Magyarázat az lehet, hogy az erőszakos térítés ellenére az ősi hagyományok egyes nemzetségek, illetve a szegényebb rétegek körében tovább éltek (pár évvel később tört ki a Vata-féle pogánylázadás), Sámuel pedig ingatag helyzetét érzékelve őket igyekezett megnyerni. Egyes történészek szerint a Balkánon terjedő bogumil eretnekmozgalom is hatással lehetett rá, amikor egy egalitáriusabb társadalmi berendezkedés létrehozására tett kísérletet.
Sámuel a szabadok terheinek csökkentésére, az előkelők adómentességének megszüntetésére törekedett, de ezzel elvesztette a főnemesek és a főpapok támogatását, akik szervezkedni kezdtek ellene. Erről Aba is tudomást szerzett, és 1044 húsvétján a csanádi országgyűlésen az összeesküvők közül több mint ötvenet lemészároltatott. A Gellért-legenda szerint ekkor Szent Gellért, a csanádi püspök nyilvánosan szembefordult vele, és elérte, hogy IX. Benedek pápa közösítse ki a királyt, akinek így alattvalói már nem tartoztak engedelmességgel.
A helyzetet kihasználva III. Henrik – a trónigényét továbbra is fenntartó Orseolo Péterrel együtt – a békét felrúgva ismét megtámadta Magyarországot, a döntő csata a Győr melletti Ménfőnél zajlott 1044. július 5-én. Az ütközet kezdetben a király számára kedvezően alakult, de seregének egy része harc közben átállt a másik oldalra, és vereséget szenvedett. A különböző források eltérően írják le a menekülő Aba halálát, egyes elbeszélések szerint még Ménfő határában elfogták és kivégezték, mások szerint egy közeli faluban gyilkolták meg, megint mások szerint már majdnem a Tiszánál járt, amikor utolérték és végeztek vele. Valószínűleg a feldebrői monostorban temették el, innen vitték át holttestét Abasárra, sírjának pontos helyét ma már nem ismerjük.
III. Henrik a csata után bevonult Fehérvárra, és trónra segítette Orseolo Pétert. A régi-új király – István intelmeit figyelmen kívül hagyva – bevezette a német jogrendet, egy évvel később pedig aranyozott lándzsát adott a császárnak, jelképesen hűbérül adva neki az országot.
Aba Sámuel az egyik legrosszabb megítélésű magyar királyként vonult be a történelembe, miután sokáig kritika nélkül fogadták el a róla sötét képet festő forrásokat. Megítélése napjainkban jóval árnyaltabb, Encsen és Ópusztaszeren, illetve az általa alapított abasári monostorban is szobra van.
