Friedrich Stowasser néven Bécsben született 1928. december 15-én, nevét 1949-ben változtatta Friedensreich Hundertwasserre (a sto a szláv nyelvekben, a Hundert a németben jelent százat). Zsidó édesanyjával a harmincas években megkeresztelkedtek, és amikor a náci Németország 1938-ban bekebelezte Ausztriát, anyja a faji törvények értelmében félzsidónak minősülő fiút beléptette a Hitlerjugendbe. A kockázatos terv sikerült, ők nagy nélkülözések között, de átvészelték a világháborút, rokonaik viszont a koncentrációs táborokban haltak meg. A bécsi Képzőművészeti Akadémián 1949-ben eltöltött rövid időszakot leszámítva nem tanult intézményes keretek közt, később autodidaktaként sajátította el mindazt, ami foglalkoztatta.
Művészetét a bécsi századforduló világából eredeztetik, forrásait a szecesszió formakincsével azonosítják, munkamódszerében és alkotásai letisztultságában pedig a Wiener Werkstätte kézművesműhelyének puritán vonalvezetése fedezhető fel. Ugyanakkor bármit képes volt munkáin átszűrni, sajátságossá formálni. Következetes és mindvégig nyitott életművébe egzotikus kultúrák stílusjegyeit ugyanúgy adaptálta, miként olyan egymástól távol eső művészeti jelenségeket, mint a naiv festészet, az absztrakt informel vagy Antoni Gaudí építészetének bizonyos vonásai.
1959-ben jelent meg híres manifesztuma, az építészet racionalizmusát bíráló Penészkiáltvány, melyben így foglalt állást az egyenesekkel szemben: „Az egyenes vonal istentelen, nem alkotó vonal, csupán másoló, utánzó, az emberi szellem nem lel otthonra benne, csak a kényelemhajhászó esztelen, elvakított, formátlan tömeg.” Ennek megfelelően hullámzó hatású épületbelsőiben és -homlokzatain keresve sem találni belőlük egyet sem, annál több görbét és spirált. Gondolkodói hitvallása – az ember és a természet aszimmetrikus, egyben mégiscsak harmonikus együttese – nyilvánul meg így, ahogy a házak teraszaira, erkélyeire ültetett számos bokor és fa is az organikus műalkotás általa megalapozott koncepciójába illeszkedik.
Nagy feltűnést, sőt botrányt keltett 1967-es, Münchenben meztelenül elmondott beszéde, illetve a Bécsben 1968-ban felolvasott építészeti bojkott-manifesztuma. A 70-es és 80-as években öt földrészen, Párizstól Tokióig láthatták vándorkiállítását. Utazásai során előadásokat tartott, meztelen performanszokat mutatott be, miközben felolvasta a Meztelenbeszéd a harmadik bőr jogáért című írását.
1980-ban megkapta az Osztrák Állami Nagydíjat, egy év múlva a bécsi Képzőművészeti Akadémia professzorává választották, 1997-ben az Osztrák Köztársaság legmagasabb állami kitüntetésével is elismerték.
Leghíresebb munkája a bécsi Hundertwasser-ház, illetve a közelében lévő múzeum (Kunst Haus Wien), ahol műveinek állandó tárlata látható. Az 1983–1985 között épült ház meghatározhatatlan formái, a tetőn és erkélyein burjánzó kertek, színes kerámiái, hullámzó padlói és járdái, a logikát nélkülöző változatos szerkezeti elemei, burkolata és aszimmetriái minden évben látogatók tízezreit vonzzák. Az épületről azt mondta: „néhányan azt állítják, a házak falakból állnak, szerintem meg ablakokból”. Nyilvánvaló szimbolika – az ember otthona nem kell hogy a világtól és a másik embertől elzárt tér, börtön legyen, ellenkezőleg, képes közelséget, világra nyitottságot, sőt távlatot kell biztosítani az ablakok által, ráadásul fénnyel gazdagon telítve.
Alkotásai éppen azt a gyakran élesen jelentkező határt mossák el, amely a műalkotást mintegy elválasztja a hétköznapi élettől. Népszerűségük egyik oka is talán ezzel magyarázható: nincs kitüntetett pozíciójuk – legyen az festmény, ház vagy bélyeg –, kiszakíthatatlanok a környezetből, tágabb értelemben a világból, és viszont. Egymásba nyúlnak, összekeverednek, a művi, tehát emberi produkciót és – néha csak motivikusan – az organikust, vagyis a természeti világot átjárható, élhető és együtt élő, ideális világnak mutatva.
Nyilvános illemhelyet, pályaudvart, éttermet, borászatot, templomot, sőt Új-Zéland másodlagos zászlaját is megtervezte Koru néven. Élete utolsó évtizedét a szigetországban töltötte. Éppen Bécsbe tartott, amikor 2000. február 19-én, hetvenegy évesen a Queen Elizabeth II óceánjárón meghalt. Új-Zélandi birtokán temették el, egy liliomfa alá.
Ismertsége és munkái népszerűsége országhatárokat és kontinenseket ível át.
2022-ben nyílt meg Hundertwasser Art Center néven a világ második Hundertwasser-múzeuma, amely az osztrák művész saját tervei alapján épült Új-Zéland egyik tengerparti városában, Whangareiben. A művész munkáit bemutató állandó kiállítás mellett a helyi kortárs művészet platformjaként működik az intézmény. A bécsi Hundertwasser-múzeum bő féléves felújítást követően, 2024 februárjában nyitotta meg kapuit ismét: az ikonikus épületet környezet- és látogatóbaráttá alakították, és felfrissítették az állandó tárlatot is.
