Német anyanyelvű, pesti zsidó családban született 1869. november 2-án (egyes források szerint november 17-én). Apja, a népszerű Pester Lloyd című újság főszerkesztője nagy súlyt helyezett fia neveltetésére, aki elvégezte a budapesti egyetem jogi karát, de már ekkor is inkább az irodalommal és a művészetekkel foglalkozott. Írásai Ignotus (latinul: ismeretlen) néven jelentek meg, 1907-ben polgári nevének is az Ignotus Hugót választotta. Előbb A Hét című folyóirat munkatársa lett, majd a Magyar Hírlap riportereként a világ számos helyéről tudósított. 1906-ban Szerda címmel folyóiratot alapított, amely azonban csak egy évet élt meg.
Huszonkét évesen napvilágot látott verses regénye, A Slemíl keservei, amelyről még az irodalmi élet nagy hatalmú formálója, az egyébként konzervatív ízlésű Gyulai Pál is elismerően nyilatkozott. A költő Ignotus élete hátralévő majdnem hat évtizede alatt csak két verseskötetet adott ki, a Nyugatban alig húsz költeménye jelent meg. Ebben közrejátszott az is, hogy az elsők között fedezte fel Ady zsenijét, és az ő művei mellett jelentéktelennek érezte saját alkotásait. Kiváló novellákat írt, de ezekből is csak egy kötetre futotta: hivatásának a kritikát és az irodalomszervezést választotta.
1908-ban a Nyugat egyik alapítója lett, az első számba Kelet népe címmel ő írta a programadó cikket. Biztos, a közízléssel számos alkalommal szembehelyezkedő ízlés, kiváló stílusérzék jellemezte. Úgy vélte, bármely mű jó lehet, ha abban a művészi mondanivaló a tehetség révén tökéletes kifejezést nyer.
– vallotta. Szellemi szabadsága, megérzésekre alapuló kritikai módszere számos politikai és irodalmi konfliktusba sodorta, de arra is képessé tette, hogy az új tehetségeket (Ady, Móricz, József Attila, Tersánszky Józsi Jenő) felfedezze és támogassa.
1919-ben, a Tanácsköztársaság bukása után az ellenforradalom elől Bécsbe emigrált. A távolból is nyomon követte az irodalmi élet alakulását, rendre küldte haza kritikáit, a Nyugat 1924-ben, írói jubileumán különszámmal tisztelgett előtte. 1929-ben, Osvát Ernő halála után Babits Mihály – arra hivatkozva, hogy Ignotus gyakori külföldi útjai miatt nem vesz részt a szerkesztésben – levetette nevét a Nyugat címlapjáról, ezután ők ketten hosszas vitába bonyolódtak.
Ignotus 1938-ban a fenyegető fasizmus elől New Yorkba emigrált, ahol filmeket írt, és egy alkalommal a város irodalmi nagydíját is elnyerte. 1948-ban idősen és betegen tért haza, itthon utolsó elismerésként megkapta a Pro Arte kitüntetést, majd 1949-ben a Baumgarten-díjat is. Nem sokkal ezután, 1949. augusztus 3-án Budapesten meghalt. Hamvai a Fiumei úti sírkertben nyugszanak, emlékét utca és emléktábla is őrzi Budapesten. Fia, Ignotus Pál is kiváló publicista, író, szerkesztő volt.
